| 平成 ９年 ９月 |
原の辻遺跡が国の史跡に指定される |
| 平成１２年 ８月 |
「長崎県長期総合計画」に埋蔵文化財センターの設置に関する整備目標が掲げられる |
| 平成１２年１１月 |
原の辻遺跡が国の特別史跡に指定される（弥生時代の遺跡では登呂遺跡、吉野ヶ里遺跡に次いで全国で３番目） |
| 平成１４年 １月 |
壱岐郡の全４町長が長崎県知事に、県立の埋蔵文化財センターの設置を陳情 |
| 平成１５年 ２月 |
長崎県知事が長崎県議会において、県全体の埋蔵文化財行政の推進母体となる埋蔵文化財センターを壱岐に建設することを表明（離島での設置は全国初） |
| 平成１５年１２月 |
「原の辻遺跡・埋蔵文化財センター等整備基本構想」の提言が長崎県知事になされる |
| 平成１６年 ６月 |
壱岐市長が壱岐市議会において、長崎県立の埋蔵文化財センター建設とあわせて市立の博物館を整備することを表明 |
| 平成１７年 ３月 |
「長崎県埋蔵文化財センター・壱岐市立一支国博物館（仮称）整備基本計画」の策定 |
| 平成１８年 ５月 |
整備・運営事業者選定
建設設計：（株）黒川紀章建築都市設計事務所
展示設計：（株）丹青社（株）乃村工藝社
管理運営：（株）乃村工藝社（株）丹青社 |
| 平成１８年 ７月 |
建築設計業務委託契約締結［（株）黒川紀章建築都市設計事務所］ |
| 平成１８年 ８月 |
展示設計業務委託契約締結［（株）丹青社］ |
| 平成１８年１１月 |
敷地造成工事に着工 |
| 平成１８年１２月 |
建築設計・展示設計基本的設計公表 |
| 平成１９年 ３月 |
建築設計・展示設計実施設計完了 |
| 平成２０年 ４月 |
建築工事着工 |
| 平成２１年 ８月 |
建築工事竣工 |
| 平成２２年 １月 |
長崎県埋蔵文化財センター設置 |
| 平成２２年 ３月 |
壱岐市立一支国博物館と同時に開館 |
| 平成２７年 ５月 |
釜山博物館と友好機関協定締結 |
