長崎県埋蔵文化財センターでは、長崎県全体の埋蔵文化財保護行政の推進、東アジア的視点に立った考古学研究、埋蔵文化財保護・活用を通じた地域振興への協力を大きな柱（目標）として業務を行います。

この目標を実現するため、以下のことに、積極的に取り組みます。

長崎県の埋蔵文化財保護行政の推進

県内の埋蔵文化財の発掘、調査研究を行い、出土品の保管、精密分析、科学的保存処理及び活用を行います。
また、市町教育委員会等への指導、助言、協力を行なうとともに、研修等により人材育成を通じた埋蔵文化財保護体制の充実を図ります。
さらに、県内の埋蔵文化財の情報発信や学校への授業支援などによる普及啓発を図ります。

東アジア的視点に立った考古学研究

本県の地理的、歴史的特性に立って、東アジアとの関係に焦点をあてた県内遺跡、出土品に関する考古学の研究や関連のある東アジア内の遺跡・出土品の調査研究を行うとともに（行政機関では国内初）、国内外の研究者や大学などと連携した考古学研究や情報発信を行います。
また、研究の成果をシンポジウムを開催し広く県民に公開します。

埋蔵文化財保護・活用を通じた地域振興

県内の埋蔵文化財の発掘、調査研究への協力を行い、その調査研究成果を一支国博物館やインターネット、児童生徒などへの教育支援活動等を通して壱岐島内はもとより、県内の地域振興へ協力していきます。