| 平成9年9月 | 原の辻遺跡が国の史跡に指定される |
|---|---|
| 平成12年8月 | 「長崎県長期総合計画」に埋蔵文化財センターの設置に関する整備目標が掲げられる |
| 平成12年11月 | 原の辻遺跡が国の特別史跡に指定される（弥生時代の遺跡では登呂遺跡、吉野ヶ里遺跡に次いで全国で3番目） |
| 平成14年1月 | 壱岐郡の全4町長が長崎県知事に、県立の埋蔵文化財センターの設置を陳情 |
| 平成15年2月 | 長崎県知事が長崎県議会において、県全体の埋蔵文化財行政の推進母体となる埋蔵文化財センターを壱岐に建設することを表明（離島での設置は全国初） |
| 平成15年12月 | 「原の辻遺跡・埋蔵文化財センター等整備基本構想」の提言が長崎県知事になされる |
| 平成16年6月 | 壱岐市長が壱岐市議会において、長崎県立の埋蔵文化財センター建設とあわせて市立の博物館を整備することを表明 |
| 平成17年3月 | 「長崎県埋蔵文化財センター・壱岐市立一支国博物館（仮称）整備基本計画」の策定 |
| 平成18年5月 | 整備・運営事業者選定 建設設計：（株）黒川紀章建築都市設計事務所 展示設計：（株）丹青社（株）乃村工藝社 管理運営：（株）乃村工藝社（株）丹青社 |
| 平成18年7月 | 建築設計業務委託契約締結［（株）黒川紀章建築都市設計事務所］ |
| 平成18年8月 | 展示設計業務委託契約締結［（株）丹青社］ |
| 平成18年11月 | 敷地造成工事に着工 |
| 平成18年12月 | 建築設計・展示設計基本的設計公表 |
| 平成19年3月 | 建築設計・展示設計実施設計完了 |
| 平成20年4月 | 建築工事着工 |
| 平成21年8月 | 建築工事竣工 |
| 平成22年1月 | 長崎県埋蔵文化財センター設置 |
| 平成22年3月 | 壱岐市立一支国博物館と同時に開館 |
| 平成27年5月 | 釜山博物館と友好機関協定締結 |
| 令和4年4月 | 島原分室を開設 |